8년 이상 자경한 농지가 수용되는 경우 개정 법률에 따른 양도소득세 감면의 종합한도 적용 방법

조특법§127⑦ 단서에 따라 농지의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우 남은 부분에 대하여는 다른 감면규정을 적용받을 수 있는 것이며, 2025.1.1. 이후 양도하는 분부터는 같은 법 제133조(2025.3.14. 법률 제20778호로 개정된 것) 제1항과 제2항에 따라 감면규정별 양도소득세 감면의 종합한도를 적용하는 것임

[회신] 귀 서면질의의 사실관계와 같이 거주자가 1필지의 농지를 양도하면서 「조세특례제한법」제69조와 같은 법 제77조의 감면규정을 동시에 적용받는 경우 같은 법 제127조제7항 단서에 따라 농지의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있는 것입니다. 이때, 2025.1.1. 이후 양도하는 분부터는 같은 법 제133조(2025.3.14. 법률 제20778호로 개정된 것) 제1항과 제2항에 따라 감면규정별 양도소득세 감면의 종합한도를 적용하는 것입니다. 1. 사실관계 ○ ’25.3.6. 농지 수용 * 조특법§69(8년자경감면) 및 §77(수용감면)에 따른 요건 충족 전제 ○ ’25.3.14. 조특법§133에 따른 양도소득세 감면의 종합한도 개정 * * 법 시행일이 속하는 과세연도에 양도하는 경우부터 적용(부칙§15①) 2. 질의요지 ○ 8년 이상 자경한 농지가 수용되는 경우 개정 법률에 따른 양도소득세 감면의 종합한도 적용 방법 3. 관련 법령 □ 조 세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 [대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 ｢한국농어촌공사 및 농지관리 기금법｣에 따른 한국농어촌 공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조 에서 “농업법인”이라 한다)에 2026년 12월 31일 까지 양도 하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (이하 생략) □ 조세특례제한법 (2025.3.14. 법률 제20778호로 개정된 것) 제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도 하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2026년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 15[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 20으로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 35(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 45)]에 상당하는 세액을 감면한다 . (이하 생략) □ 조 세특례제한법 제127조【중복지원의 배제】 ⑦ 거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면 규정만을 적용한다. 다만, 토지등의 일부에 대하여 특정의 감면 규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다. □ 조세특례제한법 (2025.3.14. 법률 제20778호로 개정된 것) 제133조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】 ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29 조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득 세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다. 1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다. 가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4 까지 또는 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 ② 개인이 제77조, 제77조의2 또는 제77조의3에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다. <신설 2025.3.14.> 1. 제77조, 제77조의2 또는 제77조의3에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 2. 5개 과세기간의 제77조, 제77조의2 또는 제77조의3에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득 세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다. | 부칙 <제20778호, 2025.3.14.> 제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.(단서 생략) 제10조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제77조제1항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 양도하는 경우부터 적용한다. 제15조(양도소득세 감면의 종합한도 변경에 따른 적용례 등) ① 제133조제1항부터 제3항까지의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 양도하는 경우부터 적용한다. | □ 조세특례제한법 (2025.3.14. 법률 제20778호로 개정되기 전의 것) 제133조 【양도소득세 및 감면의 종합한도】 ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니 한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다. 1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4 까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다. 가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 4. 관련 사례 □ 서면인터넷방문상담5팀-3235, 2007.12.14. 거주자가 토지 등을 양도하여 2 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 당해 거주자가 선택하는 하나의 감면규정 만을 적용 하는 것입니다. 다만, 토지 등의 일부에 대하여 특정의 감면 규정을 적용 받는 경우에는 잔여부분에 대하여 다른 감면규정을 적용 받을 수 있는 것임. (2001.1.1. 이후 양도소득세 감면신청분부터 적용함) 귀 질의의 경우, 2006년도에 「조세특례제한법」 제69조 규정에 따라 양도소득 산출세액 70,000천원을 감면받고 2007년도에 양도소득 산출 세액 71,000천원 중 동법 제69조 및 제133조 제2항의 규정에 따라 30,000천원을 감면받는 경우, 나머지 41,000천원에 상당하는 양도소득에 대하여는 동법 제77조, 제133조 제1항 및 제127조 제7항 단서규정을 적용하는 것입니다. □ 재일46014-465, 1998.03.16. 조세감면규제법(現조세특례제한법)의 규정에 의한 토지 등의 양도에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용함에 있어 1필지의 토지가 공공사업용 토지에 해당하여 사업 시행자에게 양도되는 경우로 양도토지 일부가 동법 제55조의 규정에 의한 8년자경에 해당하는 경우에는 양도소득세의 100%에 상당하는 세액을 감면 받을 수 있으며, 나머지 부분은 동법 제63조 * 의 규정에 따라 감면혜택을 적용받을 수 있는 것입니다. * 공공사업용 토지등에 대한 양도소득세등의 감면 □ 법규과-1183, 2011.09.06. 위 과세기준자문 신청의 사실관계와 같이 8년 이상 재촌․자경한 개발제한구역 내에 소재하는 1필지 농지가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 협의매수된 경우로서 1필지 중 창고로 사용하는 면적의 양도소득금액은 ｢조세특례제한법｣ 제77조의3 을, 그 외의 면적의 양도소득금액은 같은 법 제69조를 적용받을 수 있는 것입니다.